Järgnevalt on välja toodud võimalikud lõputööde teemad ning juhendajad vastavalt uurmisvaldkonnale.
Atko poole võivad juhendamissooviga pöörduda tudengid, kes on huvitatud religiooni, sellega piirnevate või sellele vastanduvate nähtuste uurimisest, seda nii tänapäeval kui ka minevikus. Atko on põhjalikumalt tegelenud Nõukogude perioodi arengutega, samuti tänase Eesti ühiskonna (mitte)religioossuse uurimisega ning looduse ja (mitte)religioossuse kokkupuutepunktidega. Pöörduda võivad nii BA, MA kui doktorikraadi taotlejad.
Juhendaja: Atko Remmel
Juhendaja: Kaido Soom
Juhendaja: Indrek Peedu
Juhendaja: Urmas Nõmmik
Juhendaja: Ergo Naab
Eestikeelsed allikad nende teemade kohta on olemas, aga on hea, kui üliõpilane oskab ka vene ja inglise keeles lugeda.
Juhendajad: Irina Paert (juhendab eesti, vene ja inglise keeles), James White (juhendab inglise keeles), Andrei Sõtšov (juhendab eesti ja inglise keeles).
Juhendaja: Anne Kull
Alljärgnevad religioonifilosoofia teemad on käsitletavad nii väiksema (bakalaureuseastme) kui suurema (magistriastme) uurimistöö mahus.
Juhendaja: Thomas-Andreas Põder
Juhendaja: Olga Schihalejev
• Islam – Elo Süld
• Judaism – Anu Põldsam
• Kirikulugu – Riho Altnurme, Priit Rohtmets
• Religioonipsühholoogia – Tõnu Lehtsaar
• Religioonisotsioloogia, Eesti kaasaegne religioossus – Lea Altnurme
• Süstemaatiline teoloogia, teadus ja religioon – Anne Kull, Roland Karo
• Uus Testament – Ain Riistan
• Vana Lähis-Ida usundi- ja kultuurilugu – Amar Annus
• Võrdlev usundilugu – Tarmo Kulmar